Fundada no dia 11 de setembro de 1990, a AMI – Associação Missionária Independente estará comemorando seu décimo sétimo aniversário em setembro de 2007. Mas a sua história remonta ao ano de 1988 quando o projeto foi colocado no papel pelos pastores Carlos Alberto Moraes e Fridolin Janzen, passando pela Consulta de Campo Grande realizada na capital do Mato Grosso do Sul nos dias 24 e 25 de março de 1989 contando com representantes de 14 estados brasileiros: Acre, Amazonas, Bahia, Goiás, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais, Pará, Paraná, Pernambuco, Rio Grande do Norte, Rio Grande do Sul, Roraima e São Paulo.
A missão é formada por um Conselho de Pastores representando igrejas batistas de posição fundamentalista. Esse Conselho elege a Diretoria que é composta de um Presidente, um Diretor Administrativo e um Diretor de Missões. Para ser admitido no Conselho, os critérios são: Ser pastor de uma igreja de posição batista fundamentalista e que participe regularmente do sustento de algum projeto da AMI; Subscrever o Estatuto da Missão; Ser convidado por um conselheiro e aprovado pelo Conselho.
O objetivo principal da missão é promover e apoiar a implantação e edificação de igrejas batistas fundamentalistas, intermediando o envolvimento destas igrejas no sustento financeiro e espiritual dos projetos missionários.
Por ser uma missão batista fundamentalista, a AMI constitui-se em uma organização para-eclesiástica organizada juridicamente, cujas decisões não podem afetar a autonomia e independência das igrejas locais.
Desde o início, a AMI tem destacado a importância da cooperação entre as igrejas de posição batista fundamentalista para a implantação de novas igrejas. Em sua curta história os missionários já organizaram as seguintes igrejas:
Igreja Batista da Vitória
Dia 19 de Maio de 1993
Rio Branco AC
Missionário: Pr. Luiz Gonzaga dos Reis
Templo Batista Bíblico Ebenézer
Dia 22 de Maio de 1994
Lauro de Freitas BA
Missionário Pr. Tomé Lopes dos Santos
Igreja Batista Central
Dia 29 de Maio de 1994
Dourados MS
Missionário Pr. Antonio Majela Pupin
Igreja Batista Canaã
Dia 29 de Setembro de 1996
Rio Branco AC
Pr. Luiz Gonzaga dos Reis
Igreja Batista Boas Novas
Dia 11 de Outubro de 1997
Sales Oliveira SP
Missionário: Pr. João Azevedo Saraiva Jr
Templo Batista Ebenézer
Dia 12 de Novembro de 1999
Goiânia GO
Missionário: Pr. Robson Marcelo da Silva.